เป็นวัดที่ตั้งอยู่ริมแม่น้ำ ชื่อวัดน่าจะแผลงมาจาก แพนงเชิง พระนางเชิง ที่เป็นภาษาเขมร ที่แปลว่านั้งขัดเท้า หรือขัดสมาธิ (มรว.คึกฤทธิ์ ปราโมทย์)

บริเวณที่แม่น้ำป่าสักบรรจบกับแม่น้ำเจ้าพระยา การที่วัดผนัญเชิง สร้างเมื่อปี 1867 ก่อนกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานีถึง 26 ปี จึงเชื่อว่าบริเวณนี้เป็นชุมชนโบราณมาก่อน ไม่ปรากฎหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ตำนานเล่าว่า เจ้าชายสายน้ำผึ้งเป็นผู้สร้าง จากพงศาวดารเหนือ เล่าว่า ครั้งหนึ่งพระเจ้่ากรุงจีนได้พระราชทานธิดานามว่า พระนางสร้อยดอกหมาก ให้แก่เจ้าชายสายน้ำผึ้งแห่งกรุงอโยธยา พระองค์ได้จัดขบวนเรือไปรับถึงเมืองจีน เมื่อกลับถึงอโยธยาแล้ว เจ้าชายสายน้ำผึ้งได้เสด็จขึ้นจากเรื่อโดยลำพัง เพื่อตระเตรียมความพร้อมในการต้อนรับ จากนั้นทรงขบวนขึ้นมารับนาง แต่กลับเป็นเหตุให้พระนางน้อยพระทัย ไม่ยอมเสด็จขึ้นจากเรือ เพราะเจ้าชายไม่เสด็จมาด้วยพระองค์เอง เมื่อทราบความเจ้าชายจึงเสด็จมาและสัพยอกพระนางว่าหากไม่ไปก็จงอยู่ที่นี่เป็นเหตุให้พระนางเสียพระทัยมาก ถึงกับกลั้นพระทัยสิ้นพระชนม๋ พระเจ้าสายน้ำผึ้งจึงโปรดเกล้าให้จัดพิธีพระราชทานเพลิงศพ แล้วสถาปนาบริเวณนั้นเป็นวัดผนัญเชิง (จากวัดแม่นางเชิญ เป้นผนัญเชิง)

พระพนัญเชิง เป้นพระพุทธรูปปูนปั้น นั่งขัดสมาธิ ปางมารวิชัย ขนาดใหญ่ หน้าตักกว้าง 14 เมตร สูง 19 เมตร คนจีนเรียกว่า ซำปอกง คนทั่วไปเรียกหลวงพ่อโต ในปี พ.ศ.2397 รัชกาลที่ 4 ได้เสด็จมาปิดทองพระพักตร์ และได้ถวายนามว่า พระพุทธไตรรัตนนายก

อักษรจีนอยู่เหนือวิหารวัดผนังเชิง เขียนว่า ซำเปาฮุดกง ซึ่งเป๋นนามที่ชาวจีนเรียกพระพนัญเชิง คำนี้บางท่านแปลว่า พระเจ้า 3 พระองค์ หรือพระรัตนตรัย ซึ่งรัชกาลที่ 4 ได้นำคำแปลนี้มาถวายพระนามพระพุทธรูปองค์นี้ว่า พระพุทธไตรรัตนนายก แต่นักวิชาการบางท่านอธิบาย ว่า ซำเปากง หมายถึง เจิ้งเหอ แม่ทัพเรือชาวจีนที่เกรียงไกรในราชวงศ์หมิง ซึ่งเป็นผู้นำกองทัพเรือเดินทางไปทั่วโลกจนเป็นที่กล่าวขาน และมีหลักฐานว่าเจิ้งเหอ เป็นผู้ที่ค้นพบทวีปอเมริกาก่อนโคลัมบัส เมื่อเจิงเหอสิ้นชีวิตลงได้รับการยกย่องเป็นเทพ และได้รับความเคารพนับถือจากชาวจีนเรื่อยมา เชื่อว่า เจิ่้้งเหอ เคยเดินทางมายังกรุงศรีอยุธยา และอาจมีส่วนร่วมในการปฏิสังขรณ์พระพนัญเชิง จนกลายเป็นสัญญลักษณ์สื่อถึง เจิ่งเหอ ดังในเอกสารโบราณของจีนกล่าวว่า วัดพนัญเชิงเป็นที่กราบไหว้ระลึกถึงเจิ่งเหอ ทุกวันนี้ชาวจีนมักมากราบไหว้พระพนัญเชิงอยู่เสมอ โดยเฉพาะวันตรุษจีน

ได้รับการปฏิสังขรณ์ในสมัย พระนเรศวร และรัชสมัยพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก รัชกาลที่ 1

พ.ศ.2444 สมัยรัชกาลที่ 5 เกิดเพลิงไหม้ผ้าห่มหลวงพ่อโต ชำรุดหลายแห่ง พระองค์จึงโปรดให้บูรณะใหม่อีกครั้ง พร้อมทั้งปิดทองพระพักตร์ แล้วเสร็จในปี 2445

พระพุทธรูปที่ประดิษฐานในวิหารหลวงพ่อโต

พระพุทธรูปที่ประดิษฐานในวิหารหลวงพ่อโต

พศ.2472 กรมศิลปากร พระยาโบราณราชธานินทร์และประชาชน ได้ร่วมกันบูรณะปฏิสังขรณ์ส่วนพระปราง พระหนุ (แก้ม คาง) และจัดทำพระอุณาโลมทองคำหนัก 57 บาทติดไว้ที่พระนลาฎ (หน้าผาก) ในพงศาวดารกล่าวว่า ก่อนที่กรุงศรีอยุธยาจะแตกครั้งที่ 2 ในปี 2310 มีพระเนตรไหลออกจากพระนาภี

แผ่นไม้มะค่าขนาดใหญ่ที่อยู่ข้างวิหารหลวงพ่อโต

พระอุโบสถ และพระพุทธรูปในพระอุโบสถ และจิตกรรมฝาผนังภายในพระอุโบสถ

จิตกรรมฝาผนังในพระอุโบสถ

จิตกรรมฝาผนังในพระอุโบสถ

ศาลเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก